ワークスペースの切り替え

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ディレクトリが切り替わるというだけではなく、パッケージ･エクスプローラーに表示されていたプロジェクトをはじめ、いろいろな設定も初期化される。
また元のワークスペース(フォルダ)に切り替えると、そのワークスペースを使っていたときの設定に戻る。そのフォルダにある「.metadata」フォルダに設定が保存されているのか？
「.metadata」フォルダを削除してEclipseを起動すると初期化されて立ち上がるので、たぶんそうなのだろう。