コメントを直したらRDocで未修正ファイルの内容が消えてしまった

一部のファイルのコメントを直してRDocを実行したら、コードを修正していないディレクトリのコードの説明が消えてしまった……
なんでだろう。
一度RDocが作るファイルを全て消してからもう一度実行したらちゃんとできた。なにか手順が良くなかったのか。